La variante di preoccupazione Omicron del virus SARS-CoV-2 è stata identificata in Sud Africa nel novembre 2021 ed è stata associata a un aumento dei casi di COVID-19.
È stata valutata la gravità clinica delle infezioni con la variante omicron utilizzando S gene target failure ( SGTF ) sul test Thermo Fisher Scientific TaqPath COVID-19 PCR.
Sono stati eseguiti collegamenti di dati sui casi di COVID-19 nazionali e sudafricani, dati sui test di laboratorio su SARS-CoV-2, dati sul genoma di SARS-CoV-2 e dati sui ricoveri ospedalieri per COVID-19.
Per le persone con diagnosi di COVID-19 tramite test TaqPath PCR, le infezioni sono state designate come SGTF o non-SGTF.
La variante Delta è stata identificata dal sequenziamento del genoma.
Utilizzando modelli di regressione logistica multivariata, è stata valutata la gravità della malattia e le ospedalizzazioni confrontando individui con infezioni SGTF e non-SGTF diagnosticate tra il 1 ottobre e il 30 novembre 2021 ed è stata ulteriormente valutata la gravità della malattia confrontando individui con infezione SGTF diagnosticati tra ottobre e novembre 2021, con individui con infezione da variante Delta diagnosticati tra aprile e il 9 novembre 2021.
Dal 1 ottobre ( settimana 39 ) 2021 al 6 dicembre ( settimana 49 ) 2021, 161.328 casi di COVID-19 sono stati segnalati in Sudafrica.
38.282 persone sono state diagnosticate tramite test TaqPath PCR e sono state identificate 29.721 infezioni SGTF e 1.412 infezioni non-SGTF.
La percentuale di infezioni SGTF è aumentata da 2 su 63 ( 3.2% ) nella settimana 39 a 21.978 su 22.455 ( 97.9% ) nella settimana 48.
Dopo aver controllato i fattori associati all'ospedalizzazione, le persone con infezioni SGTF hanno presentato significativamente minori probabilità di ricovero rispetto a quelli con infezioni non-SGTF ( 256 su 10.547, 2.4%, vs 121 su 948, 12.8%; odds ratio aggiustato, aOR 0.2 ).
Dopo aver controllato i fattori associati alla gravità della malattia, le probabilità di malattia grave sono state simili tra gli individui ospedalizzati con infezioni SGTF rispetto a quelle non-SGTF ( 42 su 204, 21%, vs 45 su 113, 40%; aOR 0.7 ).
Rispetto agli individui con precedenti infezioni da variante Delta, gli individui con infezione SGTF hanno mostrato una probabilità significativamente più bassa di malattia grave ( 496 su 793, 62.5%, vs 57 su 244, 23.4%; aOR 0.3 ), dopo aver controllato i fattori associati alla gravità della malattia.
Le analisi precoci hanno indicato una probabilità significativamente ridotta di ospedalizzazione tra gli individui con infezioni SGTF rispetto a quelle non-SGTF diagnosticate durante lo stesso periodo di tempo.
Gli individui con infezione SGTF hanno presentato una probabilità significativamente ridotta di malattia grave rispetto agli individui infettati in precedenza con la variante Delta. Parte di questa ridotta gravità è probabilmente il risultato di una precedente immunità. ( Xagena2022 )
Wolter N et al, Lancet 2022; 399: 437-446
Inf2022
